El Carmen nace como tal, en un conflicto limítrofe entre Pichincha y Manabí. Los territorios que hoy ocupa El Carmen, pertenecen a Manabí desde que por Ley del 25 de junio de 1824 se creó la provincia de Manabí. En 1961 contraviniendo el Decreto Legislativo, del 28 de septiembre de1830 al crearse la parroquia de Santo Domingo perteneciente al cantón Quito, se cercenan estos territorios a nuestra provincia.
Teodoro Wolf en 1892 a lo igual que el coronel Marco A. Bustamante, director del Instituto Geofísico Militar y el capitán Víctor Manuel Madrid, ambos quiteños colocan en la zona de Manabí a El Carmen en el año de 1852 .
Los decretos del 15 de noviembre de 1946 y 21 de febrero de 1947 confirman que El Carmen, ha sido, y será manabita.
En la primera década del S. XX llegaron los ilustres agricultores manabitas Don Agustín Carranza de Calceta y Segundo Angulo de Convento. Para el año de 1950 llegaron más personas de distintos lugares por motivos de la sequía especialmente de Loja, El Oro y Manabí y años después de nuestra vecina partria Colombia, personas que llegaron decididas a trabajar por esta tierra. Entre ellos citamos a: Ángel Barreto, Pedro Vega, Rosendo Loor, Carlos Salazar, Segundo Mala, Jacinto Cedeño, Cirio Verduga, José Moreira, Tito Moreira, Manuel Arcos, Julio Cabezas, José Palacios, entre otros, además tenemos a Juan Rivas y Eneas Mauri (religiosos) y a la familia Garzón Delgado de Colombia.
Como este lugar tan solo era conocido con el nombre de “KILÓMETRO 35” los moradores reunidos en la casa de don Ramón Guevara deciden tomar como patrona a la Virgen de Nuestra Señora de El Carmen, sustituyendo con el pasar de los años el nombre del kilómetro 35 por el de Recinto de la Virgen del Carmen celebrando así la primera fiesta en honor de la misma los días 14, 15 y 16 de Julio de 1950.
Oficialmente este lugar es designado con el nombre de El Carmen cuando en 1966 el Ilustre Municipio de Chone, presidido por el Sr. Salustio Giler crea las parroquias de El Carmen, Maicito, y La Esperanza. La falta de límites entre Manabí y Pichincha determinó que surgieran problemas de regionalismo y de intereses contrapuestos haciendo que el conflicto alcance su mayor violencia en el año de 1966, cuando después que Chone creara las parroquias mencionadas.
El 4 de Diciembre de 1966 un grupo de estudiantes vinieron a reafirmar sus derechos territoriales, sufriendo un accidente de tránsito en que el fallecieron 35 jóvenes del Normal Eugenio Espejo de Chone. El día anterior el estudiante Very Loor había sido abaleado en las calles de El Carmen.
En vista de tales acontecimientos la Asamblea Constituyente estudia el caso y presenta un informe para hallarle una solución definitiva. El 10 de Enero de 1967 los diputados de Manabí y Pichincha resuelven que el Km. 27 y medio de la Vía Chone-Santo Domingo sea el límite de las provincias. Además se resolvió que se procederá con la Cantonización de El Carmen y Santo Domingo con las jurisdicciones de Manabí y Pichincha. Luego el 8 de junio de 1967, la Asamblea Constituyente en cumplimiento de la resolución del 10 de enero dictó la resolución 0.79 mediante el cual se eleva a la categoría de cantón a El Carmen y Santo Domingo, determinando que en un mínimo de 90 días se convocara a elecciones populares para elegir autoridades y es por eso que se convoca a elecciones el 5 de noviembre de 1967.
El Carmen inició su vida cantonal el 3 de Julio de 1967. El Primer Consejo Municipal se instaló el 23 de Enero de 1968 y estuvo integrado de la siguiente manera: Presidente Dr. Luis Félix López, Vicepresidente Sr. Regis Ricaurte Mendoza. Concejales: Egdo. Colón Ortega Mendieta, Prof. Amador Vera Vera, Prof. Vicente Muñoz Torres, Sr. Gabriel Rivera Cedeño, Sr. Galo Suárez Palacios y el Sr. Silvino Vera Vera.
A partir de 1967 inició un acelerado crecimiento poblacional con el aporte de numerosas familias procedentes de las provincias de Manabí y de otras provincias, quienes se dedicaron principalmente a la agricultura.
